Neben den möglichen Auswirkungen auf die Ernährungssicherheit (siehe Anstieg Nahrungsmittelpreise), ist die Produktion von biogenen Treibstoffen mit weiteren sozialen Folgen verbunden. Die sozialen Auswirkungen der Produktion von biogenen Treibstoffen sind vergleichbar mit jenen der industriellen Landwirtschaft. Diese Probleme können durch die Produktion von biogenen Treibstoffen verstärkt werden, da die Anreize für den Ausbau der industriellen Landwirtschaft bei wachsenden Absatzmärkten und steigenden Preisen für Agrarprodukte erhöht wird.

Dies betrifft die Entwicklung in armen, ländlichen Regionen: Die Generierung von Einkommen durch die lokale Landwirtschaft wird verringert. Der grossflächige Anbau von biogenen Treibstoffen in Entwicklungsländern kann nach Angaben der DEZA den Kleinbauern den Zugang zu ohnehin schon knappen Ressourcen wie Land und Wasser zusätzlich erschweren. Von der Wertsteigerung des landwirtschaftlich nutzbaren Landes profitieren die Landbesitzer. Für die Landlosen kann es jedoch immer schwieriger werden, Land zu pachten oder zu kaufen. Bei Unsicherheiten betreffend Landbesitz können besonders indigene Völkergemeinschaften von Vertreibungen betroffen sein. In einigen Regionen sind in den grossen Plantagen zur Produktion der Agrarrohstoffe die Rechte der Arbeiter und die Arbeitsplatzbedingungen bedenklich. Dies gilt insbesondere für weibliche Arbeiterinnen.

Die Produktion biogener Treibstoffe erschafft allerdings pro produzierte Energieeinheit mehr Stellen als die Erdölindustrie. In den USA wurden in der Ethanolindustrie bereits zwischen 147'000 und 200'000 Arbeitsplätze geschaffen. In Brasilien sind es rund eine halbe Million Stellen. Würden die biogenen Treibstoffe ein Prozent des gesamten europäischen Treibstoffverbrauchs ausmachen, dürften zwischen 45'000 und 75'000 Arbeitsplätze entstehen.

Aufgrund der Wettbewerbsfähigkeit werden biogene Treibstoffe, insbesondere Bioethanol, häufig in grossindustriellem Massstab produziert. In solchen grossen Betrieben nimmt der Mechanisierungsgrad rasch zu. Dadurch nimmt auch die Anzahl der Beschäftigten pro Mengeneinheit ab. In Brasilien wurden durch Mechanisierungen in der Landwirtschaft von 1992 bis 2003 rund 220'000 Stellen abgebaut. 

Das brasilianische "Proálcool"-Programm führte zu stabilen, hohen Zuckerrohrpreisen und durch die Etablierung von kombinierten Zucker- und Ethanolanlagen zu Risikoverminderung. In Südafrika sind acht Ethanolanlagen geplant, um für die Überproduktion von Getreide aufzufangen.