Bei der Begründung von Fördermassnahmen für biogene Treibstoffe stehen drei Punkte im Vordergrund:

Klimaschutz: Mit dem Ersatz von fossilen Treibstoffen durch biogene Treibstoffe sollen die CO2-Emissionen reduziert werden. Bei der Verbrennung von Treibstoffen aus Biomasse wird gleich viel CO2 freigesetzt, wie beim Wachstum der Pflanzen aus der Luft gebunden wurde. Deshalb werden biogene Treibstoffe als CO2-neutral bezeichnet. Allerdings verursachen der Anbau und die Herstellung der biogenen Treibstoffe ebenfalls Emissionen, die in eine umfassende Beurteilung der Auswirkungen auf das Klima und die Umwelt einbezogen werden müssen (siehe Klima und Umwelt).

Versorgungssicherheit: Mit der Förderung von biogenen Treibstoffen soll die Abhängigkeit von fossilen Energieträgern reduziert werden. Dies einerseits weil die grössten Vorräte an Erdöl und Erdgas in politisch instabilen Gebieten liegen und andererseits im Hinblick auf die allgemein abnehmenden Erdölvorräte. Gemessen am Gesamtverbrauch von Treibstoffen sind die Potenziale für die Produktion von biogenen Treibstoffen jedoch insbesondere in Europa gering (siehe Prognosen und Potenziale). Zudem besteht das Risiko, dass mit dem Import von Treibstoffen aus Biomasse neue Abhängigkeiten geschaffen werden.

Unterstützung des Agrarsektors: Die Agrarwirtschaft ist an neuen Verwendungsmöglichkeiten von landwirtschaftlichen Produkten interessiert. Mit einem deutlichen Anstieg der Produktion von biogenen Treibstoffen wird jedoch die Nahrungsmittelproduktion eingeschränkt. Die aktuellen Entwicklungen auf den Märkten für Agrarrohstoffe weisen auf eine steigende Konkurrenz zwischen dem Anbau von Nahrungsmitteln und Energiepflanzen hin (siehe Nahrungsmittelkonkurrenz).