In der Europäischen Union wurden Produktionsziele festgelegt, die allerdings im Zusammenhang mit Nahrungsmittelkrisen und ungenügenden Ökobilanzen von biogenen Treibstoffen umstritten sind.

Im Jahr 2009 wurde eine neue Richtlinie zur Förderung und Nutzung von Energie aus erneuerbaren Quellen von der EU herausgebracht. Sie enthält konkrete Zielvorgaben für alle Mitgliedsstaaten und löst die bisherigen Richtlinien 2001/77/EG und 2003/30/EG ab. Bis 2020 soll der Anteil von Biokraftstoff demnach auf 10 Prozent erhöht werden. Dieses Ziel ist im Energie- und Klimawandelpaket der Europäischen Kommission festgehalten und wurde im März 2007 von den Staats- und Regierungschefs der EU bestätigt.

Konkrete Schritte zur Erhöhung des Marktanteils von biogenen Treibstoffen in den einzelnen Mitgliedstaaten werden in der EU-Strategie für Biokraftstoffe vorgeschlagen. 

Diese Strategie umfasst sieben politische Schwerpunkte. Beispielsweise soll die Nachfrage nach biogenen Treibstoffen durch nationale Quoten oder steuerliche Anreize gefördert werden. Solche Massnahmen sind in verschiedenen Ländern der EU eingeführt worden:

Deutschland führte gesetzliche Vorschriften über die Beimischung von biogenen Treibstoffen zu herkömmlichen Treibstoffen ein. Per 01.01.2007 ist das Biokraftstoffquotengesetz in Kraft getreten. Für das Jahr 2010 sollen auf den Energieinhalt bezogen 4.4 % Biodiesel bzw. 3.6 % Bioethanol dem herkömmlichen Diesel bzw. Benzin beigemischt werden. Zudem besteht eine Gesamtquote, die für das Jahr 2010 bei 6.75 % liegt und bis 2015 linear auf 8 % steigen soll. Ab dem 01.01.2011 müssen Biokraftstoffe zusätzlich die Nachhaltigkeitsanforderungen gemäss Biokraftstoff-Nachhaltigkeitsverordnung erfüllen.

In Italien wurde Quoten von je 1 % festgelegt. In Irland sollen 200 Millionen Euro für Steuerbefreiungen für Biokraftstoffe eingesetzt werden. Insgesamt gelten in mindestens acht EU-Ländern Steuerbefreiungen für biogene Treibstoffe (z.B. Frankreich, Deutschland, Griechenland, Irland, Italien, Spanien, Schweden und Großbritannien).

In folgender Abbildung ein Überblick der Fortschritte in der Förderung von biogenen Kraftstoffen der Europäischen Mitgliedsstaaten.