Die Kosten für die Produktion von biogenen Treibstoffen sind von den verwendeten Rohstoffen und Produktionsverfahren abhängig. So ist beispielsweise die Herstellung von biogenen Treibstoffen aus Zuckerrohr in Brasilien bereits ab Erdölpreisen von rund 40 US-Dollar pro Barrel wettbewerbsfähig. Auch Biodiesel aus Abfallöl schneidet bezüglich der Produktionskosten gut ab.

Nach Prognosen der Internationalen Energieagentur (IEA) wird erwartet, dass die durchschnittlichen Produktionskosten weltweit von heute 30 bis 90 Rappen pro Liter bis zum Jahr 2050 auf 20 bis 35 Rappen pro Liter sinken werden.

Die Treibstoffäquivalente in nebenstehender Abbildung beziehen sich auf Benzin (Bioethanol) und Diesel (Biodiesel, BtL, Biogas). Die Werte sind nicht exakt, sollen aber einen Vergleich erlauben. Es wird von einem Eurowechselkurs von 1.60 CHF ausgegangen.

Die Endpreise für biogene Treibstoffe werden sowohl durch den Markt als auch durch Steuerbestimmungen beeinflusst. Die Abbildung der Fachagentur für Nachwachsende Rohstoffe (FNR) zeigt die Unterschiede zwischen verschiedenen Treibstoffen anhand der Preise im Jahr 2006 in Deutschland.

Die Preise für biogene Treibstoffe verlaufen parallel zu den Energiepreisen. Dies zeigt sich beispielsweise am Vergleich der Preisentwicklung von Diesel und Biodiesel in Deutschland. Die aktuellen Preise werden von der Union zur Förderung von Öl- und Proteinpflanzen (UFOP) publiziert.