Zur Sicherstellung einer nachhaltigen Produktion von biogenen Treibstoffen wurde von verschiedenen Seiten die Zertifizierung von biogenen Treibstoffen gefordert. So erarbeitet beispielsweise der "Roundtable on Sustainable Biofuels" in einem breit abgestützten Prozess Kriterien für die nachhaltige Produktion von biogenen Treibstoffen.

Diese Kriterien beziehen sich auf ökologische und soziale Bedingungen, wie beispielsweise die Reduktion von Klimagasen im Vergleich zu fossilen Treibstoffen über die gesamte Wertschöpfungskette hinweg (siehe Bilanz vom Feld in den Tank), die Einhaltung von Arbeits- und Menschenrechten bei der Produktion von biogenen Treibstoffen oder die Vermeidung negativer Auswirkungen auf die Umwelt (Wasser, Boden, Luft und Biodiversität).

Auch auf politischer Ebene werden gesetzliche Anforderungen an die Nachhaltigkeit von biogenen Treibstoffen angestrebt. In der schweizerischen Mineralölsteuerverordnung (gültig ab 1. Juli 2008) werden ökologische und soziale Mindestanforderungen für die steuerliche Begünstigung biogener Treibstoffe festgelegt (siehe Politik und Recht). Die Einführung von Nachhaltigkeitskriterien wird auch in der EU diskutiert.